Необходимо построить в PyMOL командой align три совмещения следующих структур:
цепи A из записи 1HY0 и цепи A из записи 1I0A.
Совмещения сделать по каждому из доменов согласно CATH.
Соответствующие последовательности: 1HY0_А , 1I0A_A .
С помощью сервера pDomains были получены сведения о нахождении доменов:
Они полностью идентичны. Построим с помощью PyMOL три выравнивания.
Совмещение по первому домену:
RMSD = 0.338 (117 to 117 atoms)
Совмещение по второму домену:
RMSD = 0.367 (200 to 200 atoms)
Совмещение по третьему домену:
RMSD = 0.440 (67 to 67 atoms)
На изображениях красным выделена цепь 1I0A, зелёным - 1HY0.
Совмещение очень крайне удачное по всем трём доменам.
Синим и белым выделены фрагменты наиболее плохо совмещённых участков
(белый - 1I0A, синий - 1HY0).
Попробуем совместить одновременно все три домена:
RMSD = 0.522 (341 to 341 atoms)
На первый взгляд домены совместились и вполне удачно. Но если мы присмотримся, то увидим,
насколько НЕ совместились третьи домены двух последовательностей:
Видимо этим объясняется тот факт, что в совмещении задействовано 341 атом вместо 384
(что было бы, если бы домены удачно наложились в "совместном" выравнивании, как по отдельности).
В моделе сartoon получается не менее наглядно.
Совмещение трёх доменов:
Несовпадение целых спиралей третьего домена:
Вывод: как мы видим, по отдельности домены совмещаются безусловно очень хорошо,
но выравнивая их вместе легко увидеть, что совпадение уже не столь блестящее.
Домены - это достаточно жесткие структуры, но создаётся такое впечатление, что они в моделе
на шарнирном соединении, и что именно это обуславливает то, что третий домен этих двух белков так
плохо совместился. Вероятно, такую "шарнирную" модель можно объяснить тем, что белки
кристаллизовали разные группы.
Для белков 1AKH и 1W0T была получена последовательность их цепи А. 1AKH_А и 1W0T_А .
С помощью программы PDBeFOLD было построено структурное выравнивание цепей А.
По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдём геометрическое ядро
с порогом 2 A.
Остатки, входящие в геометрическое ядро:
Совместим в PyMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро.
RMSD = 0.865 (23 to 23 atoms)
Сравним с результатом команды align на полных цепях:
RMSD = 3.231 (13 to 13 atoms)
На изображениях белым цветом отмечено геометрическое ядро 1AKH,
оранжевым - геометрическое ядро 1W0T;
зелёным и бирюзовым цветом окрашены соответственно оставшиеся части 1AKH и 1W0T.
При выполнении выравнивания программой align совмещение намного ухудшилось!
О чём свидетельствуют столь разные значения RMSD: 0.865 и 3.231.
При выравнивании по геометрическому ядру совмещение прошло по 23 атомам,
в то время как при выравнивании программой align всего по 13.