Электронная плотность .

1. Создание изображения с указанием электронной плотности для 21 остатка заданного белка 2b5a.pdb;

1) получили файл 2b5a.pdb;

2) с сайта EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) достали карту электронной плотности данного белка 2b5a.omap;

3) сначала обработаем 21 остаток глутамина цепи С, о котором известно, что имеет две конформации;

     load 2b5a.omap, 2b5a_omap 
	  load 2B5A.pdb, 2b5a_pdb  
     hide all  
     show sticks, byres c/21/  
     isomesh new_map1, 2b5a_omap, 1.0, c/21/, 1  
     isomesh new_map2, 2b5a_omap, 0.5, c/21/, 1
     color yellow, new_map1    
     ray  
     png cgln21el.png

4) далее, используя аналогичные команды, получаем изображение 21 остатка глутамина цепи А, которая имеет одну конформацию.

Жёлтым цветом на обоих изображениях отмечен первый уровень электронной плотности, белым-уровень 0,5 .

Чем больше значение уровня, тем ближе к остову молекулы "прилегает" электронная плотность.

2. Создать изображение аминокислотного остатка из заданного мне белка не удалось, так как при попытке достать карту электронной плотности обнаружила,что данной карты в базе данных нет:

Поэтому я решила провести подобную процедуру с остатком лизина под номером 10 из белка 2b5a.pdb.

Получила:

На данном изображении белым цветом указан уровень 0.5 ; жёлтым - первый ; фиолетовым - 2.

Видно, что при повышении уровня электронная плотность всё больше оттягивается с положительно заряженного конца лизина, и уже фиолетовым цветом охвачена далеко не вся молекула, а приблизительно её треть.