Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведём мутацию в белке, которая возможно приведет к потере связывания с лигандом. Предварительно оценим зону котнакта:
На изображении выделено взаимодействие лиганда (NAG) с остатком Val-109.
Проведём мутацию заменой валина на пролин:
2.Используя команды mset, mview, super, translate создадим анимационный ролик, где происходит совмещение белков и показывается место мутации. movik.pse
Используемые команды: список.
3.Создадим полиаминокислотную последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используем режим Editing и манипулируем торсионными углами.
4.Напишите скрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот.
