Задание 3.

1. Укоренение дерева в среднюю точку с помощью программы retree.

Укоренение в среднюю точку произошло между ветвями : {AGRRK, BURCA}и {PASMU, VIBFM, PROMH, YERPE, ENT38, SALTY}.

Что ж,от моего начального дерева это отличается наличием объединённой пары AGRRK-BURCA.

Но такой результат мы наблюдаем из-за несовершенства алгоритма,так как у ветвей AGRRK и BURCA большая длина по сравнению с другими ветвями дерева.

2. С помощью программы fprotpars укоренённое начальное дерево реконструируем с помощью добавления в качестве аутгруппы — белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).

Несмотря на то,что метод аутгрупп является более точным,чем метод укореннения в среднюю точку,всё же построенное с помощью него дерево отличается от начального варианта наличием двух объединённых ветвей: {AGRRK, BURCA} и {PASMU, PROMH}. Видимо,такое произошло из-за того,что выравнивание,подаваемое на вход программе,сблизило эти разные группы протеобактерий вследствие того,что в них происходили схожие мутации. То есть по данному белку нельзя делать какие-либо выводы о филогении данных бактерий.

3. Бутстрэп

1)Создаём 100 бутстрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий программой fseqboot.

2) Создаём по полученным репликам деревья программой fprotpars (для этого просто подаём выходной файл программы fseqboot на вход программе fprotpars).

3) Создаём из полученных деревьев единое дерево по принципу "расширенного большинства" (extended majority rule tree). Для этого файл с деревьями, выданный программой fprotpars, подаёмна вход программе fconsense.

Вот полученное дерево:

 +-----------------------------------------PROMH
  |
  |      +----------------------------------PASMU
  |      |
  |      |                           +------AGRRK
  |      |             +--------100.0-|
  +------|             |             +------BURCA
         |      +-45.5-|
         |      |      |             +------SALTY
         |      |      |      +-59.0-|
         +-34.7-|      +-83.1-|      +------ENT38
                |             |
                |             +-------------YERPE
                |
                +---------------------------VIBFM


Это дерево совсем не похоже на моё,так как в нём поддержку получили ветви с результатами 45.5 и 34.7 
Именно засчёт них произошло неверное объединение ветвей таким образом,что протеобактерии YERPE, ENT38, SALTY, AGRRK, BURCA имеют одного общего предка. 

Вот ветви которые не получили поддержку:

....**** 41.67
..**.... 31.08
....***. 27.67
....**.* 26.33
......** 20.17
..****.. 7.00
...***.. 6.00
...***** 4.00
...****. 3.50
.**.**.. 3.17
..*****. 1.50
.***..*. 1.50
...***.* 1.50
..*.**.. 1.33
..****** 1.00
.*..**.. 0.33

Их много-целых 16!И можно заметить,что ветвь набравшая 41,67 баллов не получила поддержку в отличие от ветви,которая вошла в дерево,хотя и получила всего 34,7. Такой выбор объясняется тем,что ветвь набравшая 34,7 не противоречила остальным ветвям дерева,в отличие от той,которая набрала 45,67.