Задание 4.

1.Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Получив последовательности 16S rRNA с помощью сервера Silva, проводим выравнивание с помощью программы muscle. Затемиспользуя программу  fdnadist, получаемматрицу расстояний,которую подаём на вход программе ffitch.

Получаем такое дерево:

 +-----BURCA     
  ! 
  !          +ENT38     
  !        +-6 
  !      +-5 +SALTY     
  !      ! ! 
  !    +-4 +YERPE     
  !    ! ! 
  !  +-3 +-PROMH     
  !  ! ! 
  1--2 +--VIBFM     
  !  ! 
  !  +---PASMU     
  ! 
  +------AGRRK   

Как ни странно,но впервые получена реконструкция дерева полностью совпадающая с первоначальной! Конструируя дерево по нуклеотидным последовательностям получен наилучший результат. Подобного успеха в предыдущих заданиях достигнуто не было.

2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги Найдя гомологи белка FTSH_ECOLI среди выбранных организмов,с помощью программы BlastP,проводим выравнивание с помощью программы muscle. Затем используя те же программы,что и в предыдущем выравнивании получаем такое дерево:

              +----------------------------------B9JD33_AGRRK
                !  
                !                              +HSLU_SALTY
             +-10                           +-16  
             !  !                           !  +HSLU_ENT38
             !  !                           !  
             !  +--------------------------15     +HSLU_YERPE
             !                              !  +-14  
             !                              !  !  +HSLU_PROMH
  +---------11                              +-12  
  !          !                                 !  +-HSLU_PASMU
  !          !                                 +-13  
  !          !                                    +---HSLU_VIBFM
  !          !  
  !          !     +------------B9JPL8_AGRRK
  !          +-----9 
  !                +---------------B5FCR8_VIBFM
  ! 
  !   +------Q1BXC9_BURCA
  ! +-1 
  ! ! +------B9J9H1_AGRRK
  ! ! 
  8-2  +--B5FA73_VIBFM
  ! !  ! 
  ! !  !       +A4WEY9_ENT38
  ! !  !     +-7 
  ! +--3   +-6 +FTSH_SALTY
  !    !   ! ! 
  !    ! +-5 +Q0WBE7_YERPE
  !    ! ! ! 
  !    +-4 +-B4F2B3_PROMH
  !      ! 
  !      +---Q9CNJ2_PASMU
  ! 
  +------------Q1BNJ2_BURCA

ОРТОЛОГИ:HSLU_SALTY и +HSLU_ENT38 16 ветвь, HSLU_YERPE и HSLU_PROMH 14 ветвь, HSLU_PASMU и HSLU_VIBFM 13 ветвь.
ОРТОЛОГИ-2 гомологичных белка из разных организмов, разделение общего предка которых произошло в результате видообразования.

ПАРАЛОГИ: B5FA73_VIBFM и B5FCR8_VIBFM, B9JPL8_AGRRK и B9JD33_AGRRK, HSLU_PASMU и Q9CNJ2_PASMU.
ПАРАЛОГИ- 2 гомологичных белка из одного организма.