первый семестр

Описание пространственной структуры ДНК-полимеразы I (DNA Polymerase I) по данным банка PDB, код 1KFS


    Структура, изображённая ниже представляет собой фрагмент Клёнова — участок DNA Polymerase I ответственный за полимеразную (вырезание РНК-затравок) и 3'-экзонуклеазную функции. Вся ДНК-полимераза состоит из 4 доменов (описание доменной структуры), фрагмент Клёнова — из двух. Метод определения структуры — рентгено-структурный анализ с разрешением 2,1Å.(из PDB-файла 1kfs)
Диаметр DNA Polymerase I около 85Å.
На картинке слева вы видите изображение моего белка в проволочной модели (зелёный). Здесь же показана и сама молекула ДНК в проволочной модели (фиолетовая), а также ионы магния (синий) и цинков (зелёные). Маленькие серые шарики — молекулы воды. Все ионы и молекулы кроме воды подписаны. Цвет подписи совпадает с цветом изображаемой структуры.
Данное изображение было получено с помощью RasMol. 

restrict none
background [200,200,255]
select *a
backbone 70
color green
select dna
wireframe 100
color magenta
select Zn
label Zn
cpk
color red
select Mg
cpk
label Mg 
color blue
select water
cpk 115
color grey
select glu337:a.Ca
label DNA Polymerase I
select c1006:B.O2P
label DNA
set fontsize 12
set fontstroke 1,7
 Этот скрипт создан для того чтобы лучше понимать положение молекул белка друг относительно друга. Если просто открыть файл PDB, то ничего, кроме огромной молекулы белка на чёрном фоне разобрать нельзя. Поэтому от белка я оставил только остов. Также пришлось увеличить молекулу ДНК и покрасить её в другой цвет (иначе невозможно разобрать, где белок, а где нуклеиновая кислота). Также этот скрипт позволяет отобразить молекулы воды и ионы металлов, которые не видны на немодифмцированной картинке. Скрипт создаётся для удобства просмотра и дальнейшей работы.

©Евгений Лёушкин