При создании схемы вторичной структуры я действовал следующим образом:
- открыл PDB-файл, выбрал модель cartoons, которая выделяет α-спрали и β-листы, и раскрасил по структуре.
- нашёл начало белка и пошёл по цепи, записывая в правильной последовательности элементы вторичной структуры.
- по созданному списку нарисовал картинку, состоящую из стрелок и прямоугольников, стараясь отобразить отношение длин.
Условные обозначения:
- Красными прямоугольниками с подписями Hx обозначены α-спрали
- Жёлтыми стрелками с подписями Sx обозначены β-тяжи
- Ниже указано, какой участок белка занимет данный элемент вторичной структуры
-H1(336-348А)- -S1(353-358А)- -S2(368-376А)- -S3(379-384А)- -H2(398-409А)- -S4(416-418А)- -H3(421-431А)- -S5(438-441А)- -H4(442-449А)- -H5(458-465А)- -H6(473-477А)- -H7(480-482А)- -H8(486-488А)- -H9(491-518А)- -H10(520-528А)- -H11(530-543А)- -H12(549-573А)- -H13(587-590А)- -H14(613-617А)- -H15(622-639А)- -H16(644-647А)- -S6(658-660А)- -S7(670-672А)- -H17(676-678А)- -H18(684-692А)- -S8(699-706А)- -H19(709-717А)- -H20(721-728А)- -H21(733-741А)- H22(751-765А)- -H23(770-777А)- -H24(784-794А)- -H25(796-812А)- -S9(814-816А)- -S10(822-824А)- -H26(833-870А)- -S11(874-880А)- -S12(883-889А)- -H27(893-906А)- -S13(916-921А)-