Поиск в Swiss-Prot гомологов белка A0A1L3SXY4_9HYPH (ID)
Параметры поиска
| Значение | Информация |
|---|---|
| Search Set | Standard databases |
| Database | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Algorithm | blastp |
Текстовая выдача программы
Визуализация множественного выравнивания в Jalview
Ни одного белка удалено не было. Я считаю, что все белки, представленные в выравнивании гомологичны, так как имеются участки, консервативные во всех восьми белках. В том числе полностью идентичные позиции.
Поиск в Swiss-Prot гомологов зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина
| Значение | Информация |
|---|---|
| ID | GAG_SRV1 |
| AC | P04022 |
| Название вируса (OS) | Simian retrovirus SRV-1 |
| Значение | Информация |
|---|---|
| Название зрелого белка | Capsid protein p27 |
| Координаты | 301..526 |
Файл с последовательностью зрелого белка в fasta-формате
Параметры поиска такие же как в первом задании.
Визуализация множественного выравнивания в Jalview
Я считаю, что все белки из составленного выравнивания вероятно могут быть гомологами, так как есть веьсма консервативные во всех белках позиции и участки.
Текстовая выдача BLAST при поиске по вирусным белкам
При поиске по вирусным белкам находок стало меньше (остались только вирусные белки).
При сравнении E-value одной из находок (AC: Q70622) оказывается,
что при поиске по всей базе,
её E-value = 0.001
А при поиске по вирусным белкам её E-value = 6e-05
То есть находка считается более достоверной во втором случае.
E-value уменьшилось примерно на три порядка. Так как E-value прямо
пропорционально размеру банка, в котором ведётся поиск, то
доля вирусных белков ~ (6e-05 / 0.001) * 100% = 6%
СОПРОВОДИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
- Текстовая выдача BLAST для первого задания
- Визуализация множественного выравнивания в Jalview для первого задания
- Файл с последовательностью зрелого белка в fasta-формате
- Текстовая выдача BLAST для второго задания
- Визуализация множественного выравнивания в Jalview для второго задания