Практикум 11

Описание семейства доменов из PFAM

Значение Информация
AC pfam

PF00024
ID pfam

PAN_1
#SEED

86
#All

25k
#SW

42
#architectures

1862
#3D

56
#eukaryota

22879
#archaea

3
#bacteria

1743

PAN-домен содержит консервативное ядро из трех дисульфидных мостиков. У некоторых представителей семейства имеется четвертый дисульфидный мостик, который связывает N- и C-конец домена. Встречается в разнообразных белках и может участвовать в белок-белковых или белок-углеводных взаимодействиях. Например, PAN-домен входит в структуру плазминогена человека.

Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Значение Информация
Выравнивание seed

86 последовательностей
159 колонок
МДБ-all

48-52
100% кк в МДБ-all

48:C и 52:C
МДБ-notAll

На странице в Jalview выделены группы, нужные группы расположены сверху страницы:
154-159 - первая группа
1-13 -вторая группа
100% кк в МДБ-notAll

152:S и 159:C
Недостоверный участок

78-104

Есть блоки всех трех типов (достоверные, которые затрагивают все последовательности, достоверные, которые затрагивают не все последовательности, недостоверные). Есть абсолютно консервативные позиции, это цистеины, которые опосредуют образование дисульфидных мостиков, входящих в структуру PAN-домена.

Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Значение Информация
Доменная архитектура 1

PF00024 - PF00754
Белок с архитектурой 1

Доменная архитектура 2

PF01453 - PF00024 - PF00069
Белок с архитектурой 2

Рис. 1. Dot Plot

Судя по информации на страницах белков в InterPro, у первого белка PAN-домен как раз на участке 41-96, а у второго на участке 273-363. Из графика мы видим, что примерно эти участки и попали в выравнивание.

СОПРОВОДИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

  1. Проект Jalview с выравниванием seed
  2. PAN-домен на странице InterPro
  3. A7RX77_NEMVE
  4. B8A780_ORYSI

ЛИТЕРАТУРА

  1. PAN module: the N-terminal domains of plasminogen and hepatocyte growth factor are homologous with the apple domains of the prekallikrein family and with a novel domain found in numerous nematode proteins. Tordai H, Banyai L, Patthy L. FEBS Lett. 461, 63-7, (1999). PMID: 10561497