Практикум 3

1 Структура в целом

Тип макромолекулы — белок. Крузаин — цистеиновая протеаза одноклеточного эукариотического паразита Trypanosoma cruzi. В структуре ассиметрической единицы 5 пептидных цепей. Все они идентичны. Одна такая цепь составляет биологическую единицу.

2 Отдельные цепи

Характеристика цепи Значение
Организм

Trypanosoma cruzi
uniprot_id

P25779
Название

CYSP_TRYCR
Мутации относительно референса

Нет
Модифицированные аминокислотные остатки

Есть

Рис. 1.Кристаллическая структура ассиметрической единицы крузаина.

Рис. 2. Кристаллическая структура биологической единицы крузаина.

Функция пептидной цепи: идролизует хромогенные пептиды по карбоксильной Arg или Lys; требуется по меньшей мере еще одна аминокислота, предпочтительно Arg, Phe, Val или Leu, между концевой Arg или Lys и аминоблокирующей группой. Цистеинпротеаза может играть важную роль в развитии и дифференцировке паразитов на нескольких стадиях их жизненного цикла.

3 Малые молекулы

Характеристика Значение
Тип малой молекулы

Органический небелковый лиганд
Краткое имя

1RV
Полное имя

2-{[(1H-1,2,4-triazol-5-ylsulfanyl)acetyl]amino}thiophene-3-carboxamide
1RV pdb-file

Рис. 3. Кристаллическая структура биологической единицы крузаина.
Окраска по типу вторичной структуры.

Рис. 4. Взаимодействие крузаина с лигандом.
Сайт связывания.

Рис. 5. Взаимодействие крузаина с лигандом.

Рис. 6. Взаимодействие крузаина с лигандом.
Показаны только аминокислотные остатки на расстоянии не более 5 ангстремов от лиганда.

4 СОПРОВОДИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

  1. 4klb.pdb
  2. Uniprot
  3. PDB

ЛИТЕРАТУРА

  1. Wiggers HJ, Rocha JR, Fernandes WB, Sesti-Costa R, Carneiro ZA, Cheleski J, da Silva AB, Juliano L, Cezari MH, Silva JS, McKerrow JH, Montanari CA. Non-peptidic cruzain inhibitors with trypanocidal activity discovered by virtual screening and in vitro assay. PLoS Negl Trop Dis. 2013 Aug 22;7(8):e2370. doi: 10.1371/journal.pntd.0002370. PMID: 23991231; PMCID: PMC3750009.