Практикум 4

1 Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка

Рис. 1. Водородная связь между атомами остова в структуре альфа-спирали. Белок крузаин.

2 Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот

Рис. 2. Водородная связь между атомами боковых радикалов аминокислот глутамата и аргинина. Белок крузаин.

3 Солевой мостик

Рис. 3. Солевой мостик между аминокислотами глутаматом и лизином. Расстояние между противоионами 3.1 ангстрем.
Белок крузаин.

4 Дисульфидная связь

Рис. 4. Дисульфидная связь между цистеинами. Белок крузаин.

5 Стекинг

Между триптофаном-188 и триптофаном-184 предполагаю Т-стекинг, так как расстояние между ними делает данное взаимодействие допустимым. Пи-пи-стекинг невозможен, так как между тирозином-147 и триптофаном-144 расстояние больше 6 ангстрем.

Рис. 5. Предполагаемое стекинг-взаимодействие. Белок крузаин.

6 СОПРОВОДИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

  1. 4klb.pdb
  2. Uniprot
  3. PDB
  4. Сервис протонирования

ЛИТЕРАТУРА

  1. Wiggers HJ, Rocha JR, Fernandes WB, Sesti-Costa R, Carneiro ZA, Cheleski J, da Silva AB, Juliano L, Cezari MH, Silva JS, McKerrow JH, Montanari CA. Non-peptidic cruzain inhibitors with trypanocidal activity discovered by virtual screening and in vitro assay. PLoS Negl Trop Dis. 2013 Aug 22;7(8):e2370. doi: 10.1371/journal.pntd.0002370. PMID: 23991231; PMCID: PMC3750009.