Практикум 7

Запрос, который использовался для поиска белков: (taxonomy_id:1670800) (конечно, запрос "Aquibium oceanicum" по всему тексту записи неверный в целом, но количество находок будет такое же)

Число находок: 5014

Чем приглянулся белок: у него ион металла в качестве кофактора. Это прикольно. Также данный белок достаточно хорошо аннотирован (4/5).

Название белка на английском: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH.

Название белка на русском: АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза FtsH.

Запрос 1: (protein_name:"ATP-dependent zinc metalloprotease") AND (taxonomy_id:2759)

Число находок по запросу 1: 3916

Смысл запроса 1: позволяет понять много ли существует белков со схожей функциональной активностью среди эукариот. Вывод: да, много. И у растений, и у животных и у других эукариот.

Запрос 2: (taxonomy_id:1670800) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:29105")

Число находок по запросу 2: 74

Смысл запроса 2: позволяет узнать количество белков, использующих ион цинка в качестве кофактора у рассматриваемой бактерии. Так как в целом у данной бактерии по базе UniProt 5014 белков, то мы можем сделать вывол, что всего около 1,5 процентов из них имеют ион цинка в качестве кофактора.

Запрос 3: (taxonomy_id:1670800) AND (keyword:KW-0479)

Число находок по запросу 3: 400

Смысл запроса 3: позволяет понять сколько белков, связывющий какие-либо металлы есть у рассматриваемой бактерии. Можно сделать вывод, что 18,5% белков этой бактерии, связывающих металлы, связывают именно ион цинка (так делает и данный белок).