Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Глобальное выравнивание:
| ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| APT_ECOLI |
APBC_BACSU |
46.0 |
14.4 |
25.6 |
185 |
18 |
Локальное выравнивание:
| ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
% Coverage 1 |
% Coverage 2 |
| APT_ECOLI |
APBC_BACSU |
54.0 |
22.7 |
35.5 |
46 |
10 |
74.3 |
46.0 |
Из характеристик выравнияваний очевидно, что белки
похожи по своей последовательности меньше чем белки
с одинаковой мнемоникой функций из разных организмов.
Следовательно, они с меньшей вероятностью гомологичны.
Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
Найдено 27 белков с мнемоникой APBC.
«Iron-sulfur cluster carrier protein» — полное имя из E. coli
Выбрал APBC_SALTY, APBC_MYCLE, APBC_SACS2, APBC_HELPY, APBC_MYCBO
Выравнивание сделано программой muscle на kodomo. Затем выравнивание
было загружено в Jalview для визуализации. Перед этим была попытка сделать
с помощью какой-либо программы внутри Jalview, однако она не нашла APBC_BACSU,
и в Uniprot через браузер страница этой последовательности тоже не загрузилась.
Гиперссылка на файл с проектом Jalview
Все белки хорошо выравнялись. Считаю, что все они гомологичны,
так как есть консервативные участки, в том числе полностью идентичные во всех пяти белках.
Например весьма консервативный участок: 129 - 171 а. к. выравнивания, также 231 - 257. Есть и другие.