Практикум 10

1 Поиск последовательностей

Поиск производится NCBI Nucleotides по запросу «(Klebsiella[Organism]) AND chromosome[Title]», и учитывались только находки из RefSeq (Рис. 1.). Я выбрал геномы двух штаммов одной бактерии:
Klebsiella pneumoniae strain 1050 (NZ_CP023416.1) и
Klebsiella pneumoniae strain CRKP_24 (NZ_CP107408.1)
Затем с помощью blastn и megablast на сайте NCBI были построены две карты локального сходства. При использовании blastn я сначала пытался использовать длину слова «7», но бласт выдавал ошибку и недостатке выданной мне вычислительной мощности, поэтому в итоге сделал со стандартным значением «11».

Рис. 1. Запрос в NCBI Nucleotides и выбранные последовательности

Рис. 2. Dotplot по результатам megablast

Рис. 3. Dotplot по результатам blastn

На изображениях (Рис. 2. и Рис. 3.) видно, что в общих чертах выравнивания при помощи двух алгоритмов одинаковы, то есть видны одни и те же изменения на главной линии графика. Однако, на графике, выданном blastn, больше точек и небольших линий вне основной линии, указывающие на множество коротких повторов в последовательностях. В данном конкретном случае, если нас интересуют эти повторы, то надо обратиться к графику от blastn, а если нет, то можно брать любой, потому что по сути основные геномные перестройки видны на обоих изображениях. Точки, быть может, могут мешать чтению графика, но не в данном случае, как я считаю. Кстати, если при использовании megablast увеличить "word size", то точек будет ещё меньше (логично, ведь станет обнаруживаться меньше коротких повторов).