1 Формы ДНК
С помощью программы fiber были сгенерированы три различные формы ДНК. Ссылки на PDB-файлы:
Рис. 1. A-форма ДНК.
Рис. 2. B-форма ДНК.
Рис. 3. Z-форма ДНК.
2 Анализ структуры ДНК
Для анализа использовалась B-форма ДНК, сгенерированная fiber; структура 1bna; основание аденин.
-
В сторону большой бороздки обращены атомы C5, C6, N6, N7
-
В сторону малой бороздки обращены атомы C2, C4, N3, N9
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 17.0 (A12:C - C32:B) | 17.9 (A6:A - T31:B) | 22.9 (C2:A - G15:B) |
| Ширина малой бороздки | 8.0 (A2:A - C33:B) | 11.7 (T15:A - A30:B) | 7.2 (G11:A - G33:B) |
Рис. 4. Аденин. Красным раскрашены атомы, которые смотрят в большую бороздку, а синим — в малую.
3 Анализ структуры РНК
Использовал программы из пакета 3DNA.
Выполнил следующие команды для получения информации о разных водородных связях, стеблях и неканонических парах:
wget «https://files.rcsb.org/download/1il2.pdb» -O «1il2.pdb»
remediator —old «1il2.pdb» > «1il2_old.pdb»
find_pair -t 1il2_old.pdb stdout | analyze
Информацию о стеблях можно найти в разделе "RMSD of the bases (----- for WC bp, + for isolated bp, x for helix change)"
Стебли образованы следующими парами нуклеотидов:
(1-7 и 72-66), (49-53 и 65-61),
(38-44 и 32-26), (10-13 и 25-22)
Неканонические пары:
5U-68G
55PSU-17G (Pseudouridine)
38C-32PSU (Pseudouridine)
40U-30G<
44A-26G
10G-25U
13PSU-22G (Pseudouridine)
14A-21A
16H2U-59U (2’-deoxyuridine)
Также в структуре присутствуют дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру.
Это канонические пары нуклеотидов, которые не входят в состав стеблей:
50G-64C
51G-63C
52G-62C
53G-61C
39G-31C
41G-29C
42C-28G
43C-27G
18G-56C