1 Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Анализируемая тРНК: 1il2
Была использована программа einverted из пакета EMBOSS.
Параметры следующие:
-gap 5 -threshold 0 -match 3 -mismatch −5 -outfile outfile -outseq seqout
Затем был использован алгоритм Зукера с помощью ViennaRNA.
На Рис. 1 видно, что предсказание с помощью алгоритма Зукера дало только три стебля,
поэтому в таблице непонятно куда отнести один из них: то ли к D-стебелю, то ли к Антикодоновому стеблю.
| Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1-7 и 72-66 | 1-4 и 71-74 | 1-7 и 71-65 |
| D-стебель | 10-13 и 25-22 | - | ?? 18-31 и 47-37 |
| T-стебель | 49-53 и 65-61 | - | 49-52 и 63-60 |
| Антикодоновый стебель | 38-44 и 32-26 | - | ?? 18-31 и 47-37 |
| Общее число канонических пар | 23 | 4 | 25 |
Рис. 1. Предсказание вторичной структуры тРНК с помощью алгоритма Зукера.
2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Cтруктура ДНК-белок: 1odh
Скрипт-файл вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, ой же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3
Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| 2`-остатками дезоксирибозы | 52 | 26 | 78 |
| остатками фосфорной кислоты | 48 | 0 | 48 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 16 | 16 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 10 | 10 |
Далее с помощью nucplot было получено изображение контактов ДНК-белок.
Рис. 2. Результат работы программы nucplot.
Рис. 3. Asn65 взаимодействует с ДНК.
Наибольшим числом связей с ДНК обладает остаток Asn65, поэтому, вероятно, он важен для распознавания последовательности ДНК.
Также я обратил внимание на остаток His67 из-за его пространственного расположения —
он окружен атомами молекулы ДНК.
Ещё в распознавании может участвовать His55 за счёт двух водородных связей.
Рис. 4. His67 взаимодействует с ДНК.