Практикум 1

Обзор:

В ходе выполнения практикума было выбрано 13 организмов отряда Carnivora (Хищные). В банке SwissProt есть последовательности полноразмерных цитохромов B из выбранных животных (это необходимо для следующего практикума). На основе таксономии этих животных было построено филогенетическое дерево.

Таб. 1. Систематическое положение выбранных организмов.

Вид	Таксономия	Мнемоника
Ursus arctos	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Ursidae (bears) > Ursus	URSAR
Martes melampus	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Musteloidea > Mustelidae (weasel, mink, badger, martens and others) > Guloninae > Martes	MARME
Viverricula indica	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Feliformia > Viverridae (civets) > Viverrinae > Viverricula	VIVIN
Canis lupus	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Canidae (dog, coyote, wolf, fox) > Canis	CANLU
Pteronura brasiliensis	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Musteloidea > Mustelidae (weasel, mink, badger, martens and others) > Lutrinae > Pteronura	PTEBR
Taxidea taxus	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Musteloidea > Mustelidae (weasel, mink, badger, martens and others) > Taxidiinae > Taxidea	TAXTA
Panthera tigris	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Feliformia > Felidae (cat family) > Pantherinae > Panthera	PANTI
Pusa caspica	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Pinnipedia (pinnipeds) > Phocidae (true seals) > Phocinae (northern seals) > Pusa	PUSCA
Melursus ursinus	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Ursidae (bears) > Melursus	MELUS
Phoca largha	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Pinnipedia (pinnipeds) > Phocidae (true seals) > Phocinae (northern seals) > Phoca	PHOLR
Vulpes lagopus	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Canidae (dog, coyote, wolf, fox) > Vulpes	VULLA
Canis aureus	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Caniformia > Canidae (dog, coyote, wolf, fox) > Canis	CANAU
Hyaena brunnea	Eumetazoa > Bilateria > Deuterostomia > Chordata (chordates) > Craniata > Vertebrata (vertebrates) > Gnathostomata (jawed vertebrates) > Teleostomi > Euteleostomi (bony vertebrates) > Sarcopterygii > Dipnotetrapodomorpha > Tetrapoda (tetrapods) > Amniota (amniotes) > Mammalia (mammals) > Theria > Eutheria (placentals) > Boreoeutheria > Laurasiatheria > Carnivora (carnivores) > Feliformia > Hyaenidae (hyaenas) > Parahyaena	HYABR

Филогенетические деревья

((((CANLU, CANAU), VULLA), (URSAR, MELUS), (MARME, PTEBR, TAXTA), (PUSCA, PHOLR)), (VIVIN, PANTI, HYABR))

Рис. 1. Дерево в формате Newick

Рис. 2. Филогенетическое дерево представителей Carnivora

Представители VIVIN, PANTI, HYABR относятся к подотряду Feliformia (Кошкообразные), а остальные — к отряду Caniformia (Собакообразные). URSAR и MELUS — представители семейства Ursidae (Медвежьи). CANLU, CANAU и VULLA — представители семейства Canidae (Псовые). Это два волка и лиса. PHOLR и PUSCA оба относятся к группе Pinnipedia (Ластоногие) и Phocidae (Настоящие тюлени). MARME, TAXTA и PTEBR все относятся к кладе Musteloidea (Куницеобразные) и Mustelidae (Куньи). Отсутствие дихотомичности дерева на уровне подотрядов была неизбежна, так как в отряде Хищные выделяется всего два подотряда.