#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Oct 23 22:35:44 2020

@author: lewis
"""

from sys import argv
from Bio import SeqIO
from statistics import mean, pvariance, stdev

filename1 = argv[1]
filename2 = argv[2]

rec1 = SeqIO.read(filename1, 'fastq')
rec2 = SeqIO.read(filename2, 'fastq')

q1 = rec1.letter_annotations['phred_quality']
q2 = rec2.letter_annotations['phred_quality']
    
Qgen1 = mean(q1)
Qgen2 = mean(q2)
Qpvar1 = pvariance(q1)
Qpvar2 = pvariance(q2)
Qstdev1 = stdev(q1)
Qstdev2 = stdev(q2)

print('Среднее значение Q по всем буквам каждой из 2-х последовательностей равно: {:.3f} и {:.3f}'.format(Qgen1, Qgen2))
print('Дисперсия Q по всем буквам каждой из 2-х последовательностей равна: {:.3f} и {:.3f}'.format(Qpvar1, Qpvar2))
print('Среднее стандартное отклонение Q по всем буквам последовательности равно: {:.3f} и {:.3f}'.format(Qstdev1, Qstdev2))