Практикум 5

или сказ о том, как я связи искала

2PMD

Структуры субъединицы aIF2gamma из археона Sulfolobus solfataricus в связанной с GDP форме.

Структура в целом

Макромолекула aIF2gamma из археона Sulfolobus solfataricus в связанной с GDP форме с pdb_id: 2PMD состоит из двух биологических субъединиц. Биологическая субъединица, при этом, не совпадает с ассиметрической. Макромолекула 2PMD состоит из одной уникальной полимерной цепи, которая, в свою очередь, содержит один домен. При этом, в одну ассиметрическую единицу входят две цепи (A, B).

А теперь немного о взаимодействиях

На следующих изображениях представлены контакты следующих типов:

  • Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
    Рис.1.Водородные связи между атомами остова белка в альфа-спирали

  • Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот
    Рис.2.Водородные связи между атомами, входящими в радикалы аминокислотынх остатков

  • Солевой мостик
    Рис.3.Солевые мостики между заряженными аминокислотами. Красным покрашены положительно заряженные, синим - отрицательно

  • Дисульфидная связь
    Рис.4.Дисульфидная связь. Желтым покрашена сера, соединяющая два атома цистеина

  • Стекинг
    Рис.5.Стекинг двух ароматических колец на расстоянии 4.6 ангстрем