Практикум 7

или "добро пожаловать в Uniprot"

Uniprot ID: A0A0X8GZS8_9FIRM

Выбор белка

Используя расширенный поиск на сайте Uniprot, я нашла необходимый для выполнения заданий белок. Вначале я выбрала базу UniprotKB для поиска, затем выбрала фильтр Organism [OS] и ввела название своей бактерии, по которой делала мини-обзор: Erysipelothrix larvae.

Полученных результатов оказалось 2225. Чтобы сократить это число я выбрала белки с оценкой аннотации "4". Таких белков вышло 4.

Рис.1. Общее число белков

Рис.2. Число хорошо аннотированных белков

Информация о белке

В итоге я решила остановить свой выбор на Аспартат-полуальдегиддегидрогеназе. Он хорошо аннотирован, имеет высокую точность модели пространственной структуры, и главное, играет важную роль в биосинтезе аминокислот, катализируя НАДФН-зависимое образование L-аспартат-полуальдегида путем восстановительного дефосфорилирования L-аспартил-4-фосфата.

Рис.3. Пространственная структура белка

Реакция: L-аспартат 4-полуальдегид + NADP(+) + фосфат = 4-фосфо-L-аспартат + H(+) + NADPH

Рис.4. Реакция

Поисковые запросы

1. Я решила посмотреть, насколько хорошо распространен этот белок в других организмах. Для этого в расширенном поиске UniprotKB я выбрала следующее: Protein Name [DE] NOT Organism [OS], исключив тем самым саму бактерию Erysipelothrix larvae.

Рис.5. Запрос на изучение распространенности Аспартат-полуальдегиддегидрогеназы

Полученный запрос по итогу выглядел так: (protein_name:"Aspartate-semialdehyde dehydrogenase") NOT (organism_id:1514105)

Поиск выдал 56478 результатов, т.е. белок достаточно распространен. Что интересно, среди полученных белков лишь 52 есть в Swiss-Prot. Аспартат-полуальдегиддегидрогеназа в Erysipelothrix larvae к таковым не относится.

Рис.6. Распространенность белка среди других организмов

2. Мне стало интересно, можно ли найти Аспартат-полуальдегиддегидрогеназу у хордовых (Protein Name [DE] AND Taxonomy [OC]).

Рис.7. Запрос на изучение распространенности Аспартат-полуальдегиддегидрогеназы

Полученный запрос по итогу выглядел так: (protein_name:"Aspartate-semialdehyde dehydrogenase") AND (taxonomy_id:7711)

Поиск выдал 1 результат. "Вероятно", Аспартат-полуальдегиддегидрогеназа есть у кашалота. К сожалению, оценка аннотации была всего лишь 1 и статей по этой теме мной найдено не было, так что сделать вывод, для чего кашалоту понадобился этот белок не получилось.

Рис.8. Вероятная аспартат-полуальдегиддегидрогеназа у кашалота

3. Последним, что я решила изучить, было биотехнологическое использование Аспартат-полуальдегиддегидрогеназы (Protein Name [DE] AND Pathology&Biotech-->Biotechnological use, vaccine).

Рис.9. Запрос на биотехнологическое использование Аспартат-полуальдегиддегидрогеназы

Полученный запрос по итогу выглядел так: (protein_name:"Aspartate-semialdehyde dehydrogenase") AND (cc_biotechnology:vaccine)

Поиск выдал 1 результат, в котором штаммы с мутациями в Аспартат-полуальдегиддегидрогеназе используются для получения вакцинных штаммов против Salmonella typhimurium. Статью можно найти по ссылке: биотехнологическое использование Аспартат-полуальдегиддегидрогеназы

Рис.10. Ответ на запрос об использовании Аспартат-полуальдегиддегидрогеназы в биотехнологии