Практикум 1

или когда просил у деда Мороза денежное дерево, а в итоге получил филогенетическое...

Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Скобочная формула дерева

((BRUSU, BARHE), ((POLAQ, BURMA), (SHEDO, (ECOLI, (YERPE, SERP5)))));

Изображение дерева

Ветви дерева

Полученное дерево содержит пять нетривиальных ветвей:

1) {BRUSU, BARHE} vs {POLAQ, BURMA, SHEDO, ECOLI, YERPE, SERP5}

2) {POLAQ, BURMA} vs {BRUSU, BARHE, SHEDO, ECOLI, YERPE, SERP5}

3) {BRUSU, BARHE, POLAQ, BURMA} vs {SHEDO, ECOLI, YERPE, SERP5}

4) {BRUSU, BARHE, POLAQ, BURMA, SHEDO} vs {ECOLI, YERPE, SERP5}

5) {BRUSU, BARHE, POLAQ, BURMA, SHEDO, ECOLI} vs {YERPE, SERP5}

Практикум 2

или деревья посажены, делим по сортам

Реконструкция филогении

Задание 1.

Таксономическое положение выбранных бактерий

Таксономическое положение Bartonella henselae:

Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Bartonellaceae; Bartonella

Таксономическое положение Brucella suis:

Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Brucellaceae; Brucella/Ochrobactrum group; Brucella

Таксономическое положение Burkholderia mallei:

Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group

Таксономическое положение Escherichia coli:

Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia

Таксономическое положение Polynucleobacter asymbioticus:

Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter

Таксономическое положение Serratia proteamaculans:

Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia

Таксономическое положение Shewanella denitrificans:

Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella

Таксономическое положение Yersinia pestis:

Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex

Ветви дерева и таксоны

Полученное дерево содержит пять нетривиальных ветвей:

1) {BRUSU, BARHE} vs {POLAQ, BURMA, SHEDO, ECOLI, YERPE, SERP5}

Данная нетривиальная ветвь отделяет таксоны Alphaproteobacteria и Hyphomicrobiales от всех остальных.

2) {POLAQ, BURMA} vs {BRUSU, BARHE, SHEDO, ECOLI, YERPE, SERP5}

Данная нетривиальная ветвь отделяет одновременно таксоны Betaproteobacteria, Burkholderiales и Burkholderiaceae от всех остальных.

3) {BRUSU, BARHE, POLAQ, BURMA} vs {SHEDO, ECOLI, YERPE, SERP5}

Данная нетривиальная ветвь не отделяет никаких уникальных таксонов.

4) {BRUSU, BARHE, POLAQ, BURMA, SHEDO} vs {ECOLI, YERPE, SERP5}

Данная нетривиальная ветвь отделяет таксон Enterobacterales от всех остальных.

5) {BRUSU, BARHE, POLAQ, BURMA, SHEDO, ECOLI} vs {YERPE, SERP5}

Данная нетривиальная ветвь отделяет таксон Yersiniaceae от всех остальных.