Мы посмотрим на количество колонок, консервативных на 100 и 70 процентов в разных выравниваниях (emma и muscle).Количество таких колонок в обоих выравниваниях одинаково(76 на 100% и 64 на 70%). Гэпов в последовательностях мало и их постановка практически совпадает(за исключением 2-3 позиций в начале и в конце выравнивания). Есть выраженный консервативный участок со 126 по 133 колонку.Следует отметить, что в начале выравнивания больше консервативных участков.
Попарное выравнивание довольно сильно отличается от оптимального попарного выравнивания. В начале оптимальное выравнивание сходно в выравниванием с помощью muscle, но уже после 50 позиции в muscle наблюдается участок гэпов, который никак не повторяется в оптимальном выравнивании. Так что все все выравнивание "съезжают" на несколько позиций. И хотя после этого наблюдаются схожие участки, оптимальное выравнивание становится довольно сильно отличимым от двух других.
Наибольшее количество консервативных колонок встречается в оптимальном выравнивании (на 4 колонки больше,чем во множественном).