Паттерны и профили

Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Выбранный фрагмент выравнивания

Сравнение сильного и слабого паттернов

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из моего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	I-A-V-H-S-M-K-D-V-P-V-E-F-P-Q-G-L-G-L-V	4	найдена только HEM3_ECOLI
Сильный	[ILC]-A-[IV]-H-S-[MTF]-K-D-[VMLI]-[PT]-[VAM]-[EQPKVD]-[LFI]-[PTD]-[DEKAQ]-[GEP]-[LF]-[GSTCVA]-L-[APVGHQ]	26	да, найдены все
Слабый	[ILC]-A-[IV]-H-S-[MTF]-K-D-[VMLI]-[PT]-[VAM]-X-[LFI]-[PTD]-{TF}-[GEP]-[LF]-X-L	70	да, найдены все

Результаты, приведенные в таблице, ясны. Чем более слабый паттерн мы создаем, тем больше находок мы получаем. Это связано с тем, что, создавая более слабый паттерн, мы даем больше возможностей для того, чтобы потенциальная находка подходила под наш паттерн. Например, пишем x вместо [GSTCVA] или убираем концевые остатки. При составлении паттернов важно учитывать свойства аминокислотных остатков.

Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке HEM3_ECOLI

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеин-киназы2	паттерн	`[ST]-X(2)-[DE]`	неспецифична	7
PS00016	RGD	Сайт белковых последовательностей, принадлежащих клетке	паттерн	R-G-D	не специфична	1
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеин-киназыC	паттерн	[ST] - x - [RK]	не специфичен	3
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	не специфична	5
PS00533	PORPHOBILINOGEN_DEAM	Сайт кофактора, связывающего порфобилиногендеаминазу.	паттерн	E-[KR]-X-[LIVMFAC]-X-[GSANHD]-C-X-[IVTACS]-[PLA]-[LIVMF]-[GSA]	специфична	1

Построение PSSM и определение веса последовательности по полученной матрице

Фрагмент множественного выравнивания
Фрагмент выравнивания, по которому строился профиль
Выходной файл программы prophecy
Выходной файл программы profit

Программа prophecy строит матрицу PSSM, а программа profit считает по данной матрице вес последовательностей(%). Главная страница

Второй семестр