Pfam & Interpro

Pfam

Доменная организация белка HEM3_ECOLI

Схематичное изображение доменной структуры HEM3_ECOLI. Здесь будет рассматриваться только домен Porphobil_deam

1AH5 PDB

Зеленым цветом показан домен Porphobil_deam, красным-домен Porphobil_deamC, cерым -остальные части белка. Разноцветными шариками отмечены лиганды.

Домены в последовательности HEM3_ECOLI

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности HEM3_ECOLI
PF01379	Porphobil_deam	Порфобилиногендеаминаза,домен, связывающий кофактор дифурометан	5-217
PF01379	Porphobil_deamС	ПорфобилиногендеаминазаС,терминальный домен	225-298

Описание N-концевого домена белка HEM3_ECOLI

Краткая характеристика домена PF01379

Основной функцией порфобилиногендеаминазы является катализ 2-й стадии синтеза тетрапиррола. Этот фермент катализирует полимеризацию 4-х молекул PBG (или порфобилиногена) в тетрапиррольную структуру,при этом выделяются 4 молекулы аммония. Нехватка порфобилиногендеаменазы приводит к тяжелым неврологическим заболеваниям, таким как острая интерлиттирующая порфирия.

Организмы, в которых найдены белки с доменами PF01379

Таксон		Количество белков с доменом PF01379
Эукариоты	Растения	13
	Грибы	31
	Животные	34
	Прокариоты	Бактерии	507
Прокариоты	Археи	31

Всего с доменами PF01379 626 белков.Чаще всего доменов несколько в белке(581) и 45 последовательностей, где домен Pophobil_deam единственный. В белке Q414C9_KINRA 3 домена: porphobil_deam, TP methylase,HEM4. Не известны случай дупликации домена. Во всех случаях домены идут друг за другом.

InterPro

	Porphobil_deam ,G3DSA:3.30.160.40
	Porphobil_deam , PD002745
	Porphobil_deam ,PF01379
	Porphobil_deamC ,PF03900
	4pyrrol_synth_OHMeBilane_synth ,PIRSF001438
	PORPHBDMNASE , PR00151
	PORPHOBILINOGEN_DEAM ,PS00533
	Porphobil_deam ,PTHR11557
	Porphobil_deam ,SSF54782
	hemC , TIGR00212
	G3DSA:3.40.190.10 , G3DSA:3.40.190.10
	SSF53850 , SSF53850

Мотивы в белке HEM3_ECOLI по данным БД InterPro

Название подписи	Положение в последовательности HEM3_ECOLI	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД	* Город и страна
Porphobil_deam	221 - 313	Gene3D	University College London	Манчестер, Англия
Porphobil_deam	93-206	ProDom	INRA and CNRS - Национальный институт аграрных исследований	Франция, Париж
Porphobil_deam	5 - 217	Pfam	Wellcom Trust Sunger Institute Stockholm Bionformatic Centre (SBC) Howard Hughes Medical Institute (HHMI) Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)	Кембридж, Великобритания Стокгольм, Швеция Chevy Chase,США; Северная Корея Париж, Франция
Porphobil_deamC	225-298	Pfam	Wellcom Trust Sunger Institute Stockholm Bionformatic Centre (SBC) Howard Hughes Medical Institute (HHMI) Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)	Кембридж, Великобритания Стокгольм, Швеция Chevy Chase,США; Северная Корея Париж, Франция
4pyrrol_synth_OHMeBilane_synth	4-309	PIRSF	University of Bristol University of Texas at Austin Stanford University	Вашингтон, США
PORPHBDMNASE	45 - 65,76 - 95, 124 - 141 ,143 - 160 ,230 - 247	PRINTS	University of Manchester Bioinformatics Information and Research	Манчестер, Англия
PORPHOBILINOGEN_DEAM	231-247	PROSITE pattern	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
Porphobil_deam	78-313	PANTHER	GeneOntology
Porphobil_deam	220-313	SuperFamily	University of Bristol University of Texas at Austin Stanford University	Бристол, Англия Аустин,США,штат Техас Стенфорд, США
hemC	6-298	TIGRFAMs	U.S. Department of Energy (DOE), National Science Foundation (NSF), The Institute for Genomic Research	США, Роквиль
G3DSA:3.40.190.10	1 - 120	Gene3D	University College London	Лондон, Англия
SSF53850	3-219	SuperFamily	University of Bristol University of Texas at Austin Stanford University	Бристол, Англия Аустин,США,штат Техас Стенфорд, США

Главная страница

Второй семестр