• Ссылка на bash-скрипт
Длина выравнивания составила 706 аминокислотных остатков. В разметке буквой F обозначены колонки с абсолютно функционально консервативными позициями. К примеру, в позициях 215, 216 и 218 в выравнивания стоят взаимозаменяемые лейцин и его изомер изолейцин. В позициях 382, 389 и 390 маркером F помечены колонки с заменой аланина на глицин. Аланин и глицин - алифатические аминокислоты с небольшой молекулярной массой, гомологи.
В таблице указаны основные параметры консервативности последовательностей:
| название | абсолютно консервативные позиции | абсолютно функционально консервативные | консервативные на 70% | позиции с гэпами | длина | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| число | процент | число | процент | число | процент | число | процент | |||
| DNAK_MYCLE_1-620 | 185 | 29,84% | 303 | 48,87% | 335 | 54,03% | 14 | 2,26% | 620 | |
| DNAK_MYCTO_1-625 | 185 | 29,60% | 303 | 48,48% | 337 | 53,92% | 14 | 2,24% | 625 | |
| DNAK_THEVO_1-613 | 185 | 30,18% | 303 | 49,43% | 280 | 45,68% | 16 | 2,61% | 613 | |
| DNAK_NATPD_1-656 | 185 | 28,20% | 303 | 46,19% | 304 | 46,34% | 11 | 1,68% | 656 | |
| HS71A_HUMAN_1-641 | 185 | 28,86% | 303 | 47,27% | 311 | 48,52% | 11 | 1,72% | 641 | |
| HS71B_MOUSE_1-642 | 185 | 28,82% | 303 | 47,19% | 310 | 48,29% | 11 | 1,71% | 642 | |
Скриншот фрагмента выравнивания из задания 1:
Автоматическое выравнивание из задания 2:
.jpg)
Для удобства я для начала скрыла все последовательности, кроме первых двух. Оказалось, что согласно автоматическому выравниванию произошло больше мутаций, чем было указано в параметрах команды msbar (-count 7). Я переместила гэп с позиции 115 на 119, и со 110 на 112. В результате получилось 7 мутаций от первого ко второму поколению. После я прибавляла к выравниванию по одной последовательности, перемещая гэпы так, чтобы от поколения к поколению оставалось 7 мутаций.
Выравнивание с ручными исправлениями:
.jpg)
Первые десять позиций с мутациями:
1) Позиция 4 - вставка глицина от поколения 3 к 4;
2) Позиция 7 - вставка лейцина от поколения 5 к 6;
3) Позиция 8 - вставка лизина от поколения 5 к 6;
4) Позиция 9 - замена валина на аспорагиновую кислоту от поколения 3 к 4;
5) Позиция 14 - глутамина от поколения 7 к 8;
6) Позиция 15 - вставка аргинина от поколения 2 к 3;
7) Позиция 16 - вставка аргинина от поколения 5 к 6;
8) Позиция 19 - делеция глицина от поколения 4 к 5;
9) Позиция 21 - вставка валина от поколения 3 к 4;
10) Позиция 22 - вставка глицина от поколения 3 к 4.