Поиск по сходству. BLAST, E-value

Задание 1. Проверьте гомологичность белков, найденных поиском по сходству

ID/AC	Название белка	Coverage	Identity %	E-value	гомологичность
ANI03399.1	nitrile hydratase subunit beta [Pseudomonas putida SJTE-1]
P27763.1	Nitrile hydratase subunit beta[Pseudomonas chlororaphis subsp. Chlororaphis]	100%	87%	2E-143	да
P13449.1	Nitrile hydratase subunit beta[Rhodococcus erythropolis]	95%	58%	4E-85	да
Q7SID3.2	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta[Pseudonocardia thermophila]	97%	28%	1E-15	да
A9V2C1.1	Probable nitrile hydratase[Monosiga brevicollis]	95%	28%	2E-10	да
O66187.3	Thiocyanate hydrolase subunit alpha[Thiobacillus thioparus]	45%	25%	0,056	нет
A5URD5.1	Nucleoside diphosphate kinase[ Roseiflexus sp. RS-1]	44%	25%	1,4	нет
Q56XP4.2	Sodium/hydrogen exchanger 2[Arabidopsis thaliana]	40%	30%	2,1	нет
C6D8W9.1	Aminomethyltransferase[Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1]	31%	29%	5,7	нет
Q58DQ3.3	60S ribosomal protein L6[Bos taurus]	30%	28%	9,8	нет

Выводы о гомологичности последовательностей были сделаны по материалам, приведенным в таблице, описанию последовательностей на сайте ncbi и множественному выравниванию:

• Ссылка на проект Jalview

Фрагмент выравнивания всех десяти последовательностей:


Гомологичные последовательности выделены в отдельную группу:

Выравнивание пяти предположительно гомологичных последовательностей, блоки обозначены красными и бирюзовыми прямоугольниками (блоки, включающие остальные последовательности, выделить не удалось):

Задание 2. Опишите крупные перестройки между парой белков, имеющих гомологичные участки (домены)

Для второго задания были выбраны гомологичные последовательности из семейства Homeobox с различной доменной архитектурой.
Установленный порог E-value 1e-10, длина слова - 2.

Идентификатор	Название
KFQ16150.1	Zinc fingers and homeoboxes protein 1 [Leptosomus discolor]
KFO30217.1	Zinc fingers and homeoboxes protein 3 [Fukomys damarensis]

Карта локального выравнивания:


Черными диагоналями обозначены участки гомологии:
B1~A1,
B2~A2,
B3~A3,
B5~A5,
B7~A4+A5+A6,
B8~A8,
B9~A10;
У KFO30217.1 произошла дупликация участка A5.
В местах разрывов диагонали произошла делеция участков последовательности.