Текст скрипта 2
Текст скрипта 3
1. Гидрофобное ядро содержит 854 атома, что составляет 23,51% от общего количества атомов белка.
2a. На расстоянии 5 Å находятся атомы, которые практически полностью покрывают поверхность остатка.
2b. Среднее растояние между ядрами соседних не связанных ковалентно атомов ~4,5 Å (самое короткое расстояние от выбранного остатка до ближайшего ковалетно не связанного с ним атома O([TYR]93)-N([ARG]167) составляет 2,89 Å).
2c. Возьмем расстояние между ядрами соседних атомов 5 Å. Радиус атома кислорода - 1,4 Å. Таким образом, расстояние между двумя атомами кислорода 5-1,4*2=2,2 Å. За расстояние, заниманиемое молекулой воды, можно условно взять диаметр атома кислорода - 2,8 Å, то есть молекула воды не может поместиться между двумя соседними атомами.
3d. В третьем скрипте представлен комплекс человеческой ДНК-полимеразы η (eta) и участка двухцепочной молекулы ДНК. Структура была получена с целью показать, что синтез ДНК не происходит в полностью собранном ДНК-полимераза-ДНК-дезоксинуклеозид-3'-фосфатном комплексе с двумя металлическими связями. Перенос фосфорной группы происходит только после того, как комплекс фермент-субстрат захватывает третий двухвалентный катион металла, не координируемый ферментом[1].
ДНК-полимераза η относится к Y классу ДНК-полимераз. Полимеразы этого семейства отличаются от прочих низкой производительностью на целостных шаблонах, а также способностью осуществлять репликацию на шаблонах поврежденных ДНК. Вследствие этого члены семейства называются полимеразами транслезионного синтеза. В зависимости от характера повреждения (лезии) ТЛС-полимеразы могут восстановить исходную цепочку[2].
Помимо репликации, белки взаимодействуют с ДНК при осуществлений транскрипции (ДНК-зависимая РНК-полимераза, факторы транскрипции), рекомбинации, репарации, регуляции и упаковки ДНК (гистоны).