Практикум 10. Анализ крупных перестроек геномов

1. Выберите три генома бактерий или архей одного вида

Были выбраны геномы бактерий вида Salmonella enterica. Между геномами наблюдаются крупные перестройки, здесь представлены попарные карты локального сходства из выдачи Blast2seq.

2. Вычислите сходство (identity %) на гомологичных участках геномов и покрытие геномов гомологичными участками (процент гомологичных участков от длины геномов)

Сумма длин детектируемых гомологичных участков 87, 99 и 97%. Табличная выдача находок blast представлена ниже.

3. Исследуйте один или несколько типов крупных перестроек

На скриншотах локальных карт сходства красными кругами обозначены инверсии, зеленым - делеции. Можно предположит, что зеленым обозначен участок вставки, а не делеции, так как разрыв линии гомологии наблюдается только на картах локального сходства с участием последовательности NC_021818.1. На карте сходства двух других случайно выбранных штаммов этого участка нет. Последовательности выровнены почти по всей длине.

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis vs Salmonella enterica subsp. enterica serovar Cubana str. CFSAN002050;
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Cubana str. CFSAN002050 vs Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum str. SG9
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis vs Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum str. SG9