Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Упр.1. Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов Упр.2. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-1-7-3' 5'-66-72-3' Всего 7 пар | предсказано 6 пар из 7 реальных | 7 из 7 |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' Всего 4 пары | 2 из 4 | 4 из 4 |
| T-стебель | 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пар | 5 из 5 | 5 из 5 |
| Антикодоновый стебель | 5'-39-44-3' 5'-26-31-3' Всего 6 пар | 5 из 6 | 5 из 6 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов |
19(+3 неканонические) | 18 | 21 |
Выдача nucplot:
SEQUENCE: Score 31: 24/24 (100%) matches, 22 gaps
1 gcgg-atttagctcagttgggagag-cg--c-ca-ga-ctga--ag 37
|| | | || || | | | || || | || || || ||
72 cg-ctt-aa--ga--c-a--c-ct-agcttgtgtcctgga--ggtc 40
Задание 2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Упр.1
скрипт с определениями множеств
скрипт с отображением множеств на модели
Упр.2
| контакты атомов белка с | полярные | неполярные | всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 0 | 4 | 4 |
| остатками фосфорной кислоты | 39 | 31 | 70 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 34 | 38 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 3 | 8 | 11 |
использованный скрипт
Упр.3
Упр.4 Схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot
Судя по схеме, наибольшее количество связей образует аминокислотный остаток Trp36.
Внизу на первой картинке представлен Trp36 и взаимодействующие с ним азотистые основания [DC]7, [DT]15 цепей M и N, соответственно.
При этом кислород [DT]15 образует водородную связь с водородом у азота триптофана, атом азота в аминогруппе [DC]7 участвует
в cation–pi interaction с ароматическим кольцом триптофана.
При связывании с ДНК очень важны контакты с азотистыми основаниями, так как именно они обеспечивають специфичность взаимодействия белка с
нуклеиновой кислотой. На третьей картинке представлено взаимодействие Arg40 цепи A с азотистым основанием [DG]6 цепи M.
 |