1)Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл Команда: seqret ‘*.fasta’ 121.fasta Исходные файлы: 1.fasta 2.fasta 3.fasta 4.fasta Выходной файл: 1231.fasta 2)Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы Команда: seqretsplit 1231.fasta Исходный файл: 1231.fasta Выходные файлы: jh603129.1.fasta jh603131.1.002.fasta jh603130.1.002.fasta jh603131.1.fasta jh603130.1.fasta 4)Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле. Команда: transeq 4.fasta 44.fasta -table 0 Исходный файл: 40.fasta Выходной файл: 44.fasta 5)Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках. Исходный файл: 5.fasta Команда: transeq -frame 6 5.fasta 15.fasta Выходной файл: 15.fasta 6)Перевести выравнивание и из fasta формате в формат .msf Исходный файл: 1122.fasta Команда: seqret ../1122.fasta msf::4.msf Выходной файл: 4.msf 7)Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число) Исходный файл: 016.fasta Команда: infoalign 016.fasta -outfile stdout -refseq 2 -only -name -idcount > 7.txt Выходной файл: 7.txt 10) Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности Исходный файл: 1.fasta Команда: shuffleseq 1.fasta 110.fasta Выходной файл: 110.fasta 13) Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях Исходный файл: 5.fasta Команда: cusp 5.fasta 114.fasta Выходной файл: 114.fasta 16) Постройте локальное множественное выравнивание трех нуклеотидных последовательностей Исходные файлы: 1231.fasta Команда: edialign 1231.fasta -outfile 016.edialign -outseq 016.fasta Выходные файлы: 016.fasta 17) Удалите символы гэпов и другие посторонние символы из последовательности. Команда: degapseq 4.fasta 417.fasta Исходный файл: 4.fasta Выходной файл: 417.fasta 18)Переведите символы конца строки в формат unix Команда: noreturn 18.txt unix.txt Исходный файл: 18.txt Выходной файл: unix.txt 19)Создайте три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто Команда: makenucseq -amount 3 -outseq random.fasta -auto Выходной файл: random.fasta