Практикум №11. Отчет.

1. Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок

Идентификатор белка: ANI03399.1
Название белка: nitrile hydratase subunit beta
Идентификатор КОГа: COG0157
Величина e-value для отнесения белка к данному КОГу: 0.55
Интервал КОГа: 44-72
Всего остатков в белке: 220
Название КОГа: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase (никотинат-нуклеотид пирофосфорилаза)
Функциональная категория: Coenzyme transport and metabolism (транспорт и метаболизм коэнзимов)

Полученный результат обладает высоким показателем e-value, что характеризует его как ненадежный. Белки найденного КОГа относятся к пирофосфорилазам, исходный белок - к нитрил-гидратазам. Интервал КОГа также очень узкий по сравнению с общей длиной последовательности. Все это указывает на то, что результаты поиска малоправдоподобны.

2. Визуализация геномного окружения

Параметры поиска в COGNAT-е: Neighborhood Size=9, Occurence Threshold(%)=20
Полная выдача COGNAT в формате PDF
У данного белка существует консервативное окружение, состоящее из синтазы хинолиновой кислоты(COG0379) и аспартат-оксидазы(COG0029). Тем не менее. В разных организмах в окружении нашего КОГа могут присутствовать либо оба белка в разных положениях, либо только один из них, либо ни одного.

Скриншот части выдачи:

3. Отнесение вашего белка к терминам GO

Отнесение белка бета-субъединица нитрил-гидратазы из Pseudomonas putida SJTE-1 к терминам GO
P value лучшей находки: 2.2e-07
Найденный белок также является бета-субъединицей нитрил гидратазы, но из другого организма - Ruegeria pomeroyi DSS-3.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q5LTU7 (Q5LTU7_RUEPO)

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс (Biological process)	GO:0050898	nitrile metabolic process	метаболические процессы нитрилов	ISS
Молекулярная функция (Molecular function)	GO:0018822	nitrile hydratase activity	гидратазная активность нитрилов	ISS

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	Данный код присваивается в случае, когда аннотация на основе последовательности создана вручную

В последнем пункте работы были проанализированы данные из БД GO. Был найден белок, весьма похожий на исследуемый ранее, с таким же названием, но у другого организма. Далее для найденного белка были описаны биологический процесс и молекулярная функция данного белка - данная информация сведена в таблицу 1. Далее были проанализированы коды типа доверенности, которые присваиваются каждому аспекту (процессу либо функции). В таблице 2 представлено описание единственного найденного кода доверенности, который говорит о том, на сколько проверена хранящаяся в базе данных информация.