1. База данных OPM
1а. Для выполнения данного задания был выбран белок Archaerhodopsin-1 (1uaz).
2а. Для него были измерены:
Толщина гидрофобной части белка в мембране |
Координаты трансмембранных спиралей |
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка |
В какой мембране находится белок |
31.8 ± 1.3 Å |
1(15-38),2(48-68),3(86-104),4(111-133),5(138-160),6(179-197),7(207-230) |
20.9 |
В клеточной мембране археобактерий |
1б. Для выполнения данного задания был выбран белок Outer membrane protease OmpT (1i78).
2б. Для него были измерены:
Толщина гидрофобной части белка в мембране |
Координаты трансмембранных β-тяжей |
Среднее количество остатков в одном β-тяже белка |
В какой мембране находится белок |
26.5 ± 1.6 Å |
1(11-20),2(50-61),3(64-72),4(111-121),5(126-136),6(178-187),7(192-201),8(230-240),9(245-254),10(287-296) |
9.4 |
Во внешней мембране Грам-отрицательных бактерий |
2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей
Обе программы обнаружили все семь трансмембранных участков. Координаты между программами и данными из БД оказались различны, но очень близки. Соответвующие координаты для обеих программ в сравнении с координатами из БД:
Номер трансмембранного участка |
TMHMM |
Phobius |
OPM |
1 |
15-35 |
17-35 |
15-38 |
2 |
48-70 |
47-69 |
48-68 |
3 |
85-107 |
89-107 |
86-104 |
4 |
114-133 |
114-135 |
111-133 |
5 |
143-162 |
141-159 |
138-160 |
6 |
175-197 |
180-198 |
179-197 |
7 |
207-229 |
204-230 |
207-230 |
База данных TCDB.
Для второго белка (Outer membrane protease OmpT) был найден TCID: 9.B.50.1.19.B.50 - The Outer Membrane Beta-barrel Endoprotease, Omptin (Omptin) Family.
9. - Неполностью описанные белки транспортной системы.
B. - Порины со структурой β-бочки
Первый белок в базе данных TCDB найден не был.