Для построения дерева были взяты лучшие находки (по % identity) из списка последовательностей предполагаемых гомологов, полученных с помощью программы blastp (порог E-Value = 0.001) из файла с объединенными протеомами организмов, взятых из прошлых практикумов. Затем интересующие нас участки из выдачи blastp были вырезаны в отдельный файл с помощью программ seqretsplit и cat. Дерево было построено с помощью программы Mega методом Maximum Likelyhood.
На дереве мы видим пары паралогов из RHIEC и из RHOS4, полученные в результате дупликации гена в рамках одного вида. Соответственно, остальные белки дерева являются ортологами относительно друг друга и получены в ходе разделения эволюции белков в результате видообразования.