1. Тип макромалекул- белок.
2. Состоит из одной уникальной А-цепи.
3. Биологическая сборка - состоит из одной свёрнутой в пространстве цепи.
На изображениях выше представлена структура белка в стиле cartoon. В цепи присутствует 1 белковая цепь. В одну биологическую единицу входит одна такая цепь. Биологическая единица идентична ассиметрической.
1. Организм - Archaeoglobus fulgidus.
2. Uniprot_id: O28025; название белка - тРНК (Ile2) 2-агматинилцитидинсинтетаза TiaS; функция: АТФ-зависимая агматинтрансфераза, которая катализирует образование 2-агматинилцитидина (agm2C) в положении колебания (C34) тРНК (Ile2), преобразуя специфичность кодона с AUG на AUA.
3. Да, мутации относительно референса есть - 20 штук.
4. Координаты модифицированных аминокислотных остатков.Слева представлена вторичная структура TiaS-tRNA(Ile2)-AMPCPP-agmatine complex. Красным обозначены α-спирали, желтым - β-листы, зелёным - петли.
1. Малые молекулы в записи: APC - DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER; AG2 - AGMATINE; TRO - L-PEPTIDE LINKING.
2.Координаты малых молекул.3. Малая молекула AG2 - AGMATINE учавствует в реакции Рея. В резульате получается 2-агматинилцитидин. Это связано с функциональной нагрузкой белка(каталитическая). Источник: Takuo Osawa 1, Satoshi Kimura, Naohiro Terasaka, Hideko Inanaga, Tsutomu Suzuki, Tomoyuki Numata(2011). Structural basis of tRNA agmatinylation essential for AUA codon decoding, 277-282.
На иллюстрациях 4 и 5 изображено белковое окружение на расстоянии 5Å от малой молекулы AG2 (AGMATINE) с названиями и номерами аминокислот соответственно.
1. Ниже можно увидеть водородную связь остова белка.
2. На рис.7 изображена водородная связь атомов боковых радикалов His-Ile на расстоянии 1.7Å.
3. Далее были обнаружены солевые мостики, один из примеров Glu-Arg на расстоянии 1.7-2.6Å.
4. Дисульфидных связей не было обнаружено, на рис.9 можно увидеть расположение Cys в представлении spheres. Как видно, все Cys достаточно далеко.
5. Стэкинговых взаимодействий тоже не было обнаружено. Ниже представлены все ароматические аминокислоты(Phe,Trp,Tyr) без связей.