1) Был выбран данный белок - Дисульфид редуктаза. Функция его заключается в участии в образовании дисульфидных связей в периплазматических белках, также нужен для сборки цитохромов с-типа.Учавствует в переносе электрона из цитоплазматического тиоредоксина в периплазматическое пространство.
2) Белок был выбран по запросу (taxonomy_id:82986). Полное название DsbD: белок тиол-дисульфидного обмена, суть процесса состоит в образовании дисульфидных связей. Он мембранный,переносит электроны от первичных акцепторов белков-тиоредоксинов в периплазму на другие белки. Было получено 4055 результатов, но Swiss-Prot последовательностей было всего 4, я выбрала одну из них, так как хотелось иметь дело с белком обработанным кураторами, по наибольшему значению Length(578 AA). Аннотированность всех Swiss-Prot последовательностей была 3, поэтому от этого критерия при выборе не получилось оттолкнуться. Также, стоит отметить, что существование выбраннго DsbD основано на гомологии. Информацию о белке можно посмотреть на kodomo либо кликните: Информация о DsbD из UniProt.
3) При поиске кластеров для запроса я выбрала в Advanced Search searshing in UniRef, после чего в поле UniProtRB ID/AC вбила Q9XDB2. В окне поиска получила три кластера UniRef50, UniRef90 и UniRef100, информация о которых размещена на kodomo, либо также кликните: Информация о кластерах DsbD из UniProt. Могу предположить, что большой размер кластера 50 моего белка может говорить о том, что последовательность малоконсервативна, то есть в ней было много эволюционных изменений, благодаря чему она имеет много схожих участков с большим числом белков(1441 элемент в данном кластере 50). Однако, такой вывод можно сделать если белки кластера принадлежат близкородственным таксонам. Кажется, это довольно важдный белок для грамотрицательных бактерий, который присутсвует в других организмах, в колонке organisms перечислено их множество - Yersinia pseudotuberculosis serotype I, Yersinia enterocolitica serotype O, Yersinia pestis, Erwiniaceae bacterium PD-1, Dickeya dianthicola и другие.
4.1) Первый запрос я сделала по keywords, гдe в Advanced Search указала Cytochrome c-type biogenesis (KW-0201). Запрос: (keyword:KW-0201). Поиск выдал 182819 позиции, среди которых 760 Swiss-Prot. Существование большинства последовательностей основано на гомологии(93361), и самые популярные организмы - A.Thaliana(36), Rice(21), E.coli(10).
4.2) Следующий критерий который я выбрала это локализация белка, у меня он находился на внутренней мембране клетки, запрос был следующий Subcellilar location, intramembane, forming -inner, evidence - any. Запрос:(ft_intramem:inner). Мне выдало всего 8 результатов(я думала что это довольно широкий запрос, оказалось наоборот). Первый из результатов это белок Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial который лежит на внутренней мембране митохондрии у Homo sapiens. В списке организмов оказались Данио-ренио, человек, семейство бычьих, мышь, крыса. Аннотация у всех восьми - 5. Длина последовательности - 601-800. Кажется, запрос довольно бесполезный, но интересный. 🤔
4.3) Следующий запрос тоже был в UniProtKB по критерию Protein name: dsbD и Taxonomy:Tatumella. Запрос:(protein_name:dsbD) AND (taxonomy_id:82986). То есть я искала этот белок у других представителей этого рода. Результатов всего - 5. 1 из них Swiss-Prot. Этот белок есть также у Tatumella ptyseos,Tatumella morbriosei. Существование этих белков также основано на гомологии, и аннотированность тоже 3(как у исходного DsbD).