3.Работа с 3DNA

Далее была скачана pdb - структура 1N78 тРНК. С помощью команд:

wget "https://files.rcsb.org/download/1N78.pdb" -O "1N78.pdb"

Переводим в старый формат pdb:

remediator --old ''1GTS.pdb'' > ''1GTS_old.pdb

Ищем неканонические пары:

find_pair -t 1GTS_old.pdb stdout | analyze

В результате был получен файл: 1N78

Координаты стеблей:

501…507 - 572…567

549…553 - 565…561

538…544 - 532…526

510…513 - 525…522

Неканонические пары(17 шт):

2 G-*---U

13 U-**--A

14 U-**+-G

15 A-**--C

21 A-**--G

26 U-**--A

27 A-**--A

28 G-**+-C

31 G-*---U

42 U-**--A

43 U-**+-G

44 A-**--C

50 A-**--G

54 U-*---G

55 U-**--A

56 A-**--A

57 G-**+-C

Стабилизирующие водородные связи:

519:G----C:556

519:G----c:556