Комплексы ДНК-белок
С помощью команды ниже были найдены программой einverted из EMBOSS были предсказаны инвентированные повторы тРНК:
einverted -sequence 1N78.seq -gap 10 -threshold 10 -match 2 -mismatch -3 -outseq 1N78outseq -outfile 1N78outfile
Программа выдала всего один верный участок, что говорит о плохом предсказании вторичной структуры тРНК программой einverted.
Ниже представлена модель вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA(рис.1)
| Поцизии по результатам find_pair | Предсказание einverted | Предсказание по Зукеру | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1...7 - 72...67 | 3...7 - 69...65(5 пар из 7 существуют) | 1...7 - 72...67(7 пар, все существуют) |
| D-стебель | 10..13 - 25...22 | нет предсказания | 9...13 - 26...22(4 пары из 5 существуют) |
| T-стебель | 49...53-65...61 | нет предсказания | 49...53 - 65...61(5 пар, все существуют) |
| Антикодоновый стебель | 38...44 - 32...26 | нет предсказания | 39...43 - 31...27(5 пар, все существуют) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | ы5 | 22 |
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
По скриптам ниже можно найти исследвание структуры Protein complex
По ссылке ниже можно увидеть скрипт, задающий множества атомов:
Скрипт, выдающий последовательное изображение структуры: Структура
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'- дезоксирибозы | 12 | 70 | 82 |
| остатками фосфорной кислоты | 21 | 27 | 48 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 16 | 16 |
| Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 9 | 7 | 16 |
Выдачу программы nucplot можно посмотреть: Множества атомов
Аминокислотные остатки с наибольшим числом контактов с ДНК:
- Arg168 - c 48 и 49 остатком дезоксирибозы
- Asn175 - с 8 остатком дезоксирибозы (2 связи)
- Ser176 - с 47 цитозином, водородная связь с 48 остатком дезоксирибозы
- Met194 - водородные связи с 11 тимином и 12 аденином
- Pro199 - - водородные связи с 13 цитозином, 14 остатком дезоксирибозы
