ПОИСК ДОМЕНА И СОЗДАНИЕ HMM-ПРОФИЛЯ

Я выбрала домен 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR PF00003 из 7 трансмембранных областей, которые формируют C-конец некоторых рецепторов подкласса 3 рецепторов G-связанных белков. Семь трансмембранных областей собираются таким образом, чтобы образовать стыковочный карман, в котором, как было обнаружено, связываются такие молекулы, как цикламат и лактизол, и, следовательно, придают вкусу сладость.

Выравненные 114 белков с доменной архитектурой PF00003-PF00003

Затем я почистила последовательности: Jalview => Edit => Remove redundancy порог 95% и убрала несколько последовательностей с большими вставками.

Выравненные оставшихся 20 последовательностей - обучающая выборка

Тут можно посмотреть файл со 114 белками с доменной архитектурой PF00003 - PF00003 (обучающая и положительная выборка) и со 103 белками с доменной архитектурой PF00003 - PF18455 (негативный контроль) Тык

Создание HMM-профиля

hmm2build -g out.txt cleaved.fa

Калиборовка HMM-профиля

hmm2calibrate out.txt

Поиск по общей выборке

hmm2search --cpu 1 out.txt full.fa > search.txt

Выдачи:

HMM-профиль

Находки в общей выборке

Затем с помощью скрипта Карины Каримовой были получены таблица, гистограммы весов выборок и графики ROC Curve и F1 Score. Видно, что положительная и негативная выборки плохо разделяются, скорее всего потому что выбранные мною доменные архитектуры слишком похожи.