HIV-1 RNA packaging signal
Как и другие ретровирусы, вирус иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) избирательно упаковывает геномную РНК во время сборки вируса. Успешная репликация ретровируса требует, чтобы его геномная РНК была упакована в собирающиеся вирусные частицы с высокой точностью. Однако клеточные мРНК также могут быть упакованы при определенных условиях. Вирусная РНК (вРНК) содержит "сигнал упаковки" (ψ) и упаковывается в виде димера - двух мономеров вРНК, соединенных ограниченным числом пар оснований. Она имеет два конформера, только один из которых способен к димеризации и упаковке. Полипротеин Gag - один из основных участников этого процесса. Он способен узнавать особый сигнал на вирусной РНК (ψ, RNA packaking signal) и связывать нуклеиновую кислоту (nucleocapsid) и переносить ее к месту образования новой вирусной частицы.
Информация о сигнале
У каких вирусов встречается: HIV, SIV (Вирус иммунодефицита обезьян)
Кому адресован: белок Gag
Предназначение: Белок Gag связывает вирусную РНК для включения ее в новую вирусную частицу
Эффективность сигнала: Высокоэффективный сигнал
Я использовала скрипт старшекурсников для выполнения данного задания Script В результате было 500 последовательностей для обучения, 500 последовательностей для тестирования и 500 последовательностей - отрицательный контроль.
Также в результате работы скрипта на основе материала обучения была построена позиционная весовая матрица (PWM)(см.таблицу 1)
На Рис.1 изображена гистограмма весов последовательностей. Стоит отметить, что значения весов для отрицательного контроля находятся левее, чем для последовательностей обучения и положительного контроля.
За пороговое значнеие, которое отделяет отрицательный контроль было взято - 37
Как можно наблюдать из значений таблицы,при выбранном пороговом значении большая часть последовательностей обучения и положительного контроля попали в группу Сигнал(+), а отрицательного контроля - в Сигнал(-).
Подсчет числа сайтов GAATTC в полном геноме E.coli
Был выбран штамм Escherichia coli O157:H7 str. Sakai, чей геном указан как референсный.
Число сайтов = 801
Ожидаемое число сайтов =1245
Расчет проводился с использованием формул для биномиального распределения. Различие сможно считать достоверным из-за достатчно маленького p-value