Практикум 9. Выравнивания

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Heme chaperone HemW	HEMW_ECOLI	HEMW_BACSU	504.5	62.1%	50.4%	33	12
Glutamine-fructose-6-phosphate aminotransferase	GLMS_ECOLI	GLMS_BACSU	1119.0	41.2%	59.9%	33	15
Peptidyl-tRNA hydrolase	PTH_ECOLI	PTH_BACSU	315.0	35.4%	54.4%	8	5

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Heme chaperone HemW	HEMW_ECOLI	HEMW_BACSU	508.5	32.3%	51.4%	27	10	98.1%	99.2%
Glutamine-fructose-6-phosphate aminotransferase	GLMS_ECOLI	GLMS_BACSU	1119.0	41.2%	59.9%	33	15	100.0%	100.0%
Peptidyl-tRNA hydrolase	PTH_ECOLI	PTH_BACSU	321.0	36.6%	55.9%	2	2	95.9%	97.9%

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Program	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Needle	HEMW_ECOLI	GLMS_BACSU	33.0	12.2%	17.7%	448	24	-	-
Water	HEMW_ECOLI	GLMS_BACSU	49.0	19.6%	27.7%	181	21	93.4%	53.7%

Показатели Score, Identity и Similarity гораздо ниже таковых для последовательностей с одинаковой мнемоникой. Гэпов намного больше. Первый белок значительно короче второго, поэтому его покрытие больше.

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Выравнивание можно скачать или открыть по ссылке.

Для выравнивания были выбраны белки с мнемоникой, начинающейся на HEMW. Их было найдено 88888. Были выбраны белки с мнемониками HEMW_LACLA, HEMW_MYCTU, HEMW_BUCAI, HEMW_BUCAP, HEMW_MYCTO. Последовательности были открыты в Jalview с помощью команды "Fetch sequences". Выравнвание было сделано с помощью "Muscle with Defaults". Все белки довольно хорошо выровнялись. Я думаю, они все гомологичны. Наиболее консервативные участки: 20-39, 75-88, 110-118, 132-157, 177-188, 248-295. Наименее консервативные учатки: 1-19, 295-309, 346-362.