BLAST двух последовательностей

Для работы были взяты митохондриальные геномы сибирского бурундука и скворца майны: NC_025277.1 vs NC_015195.1. Параметры во всех случаях были взяты по умолчанию.

Ниже приведены карты локального сходства, полученные с использованием алгоритмов blastn (слева) и megablast (справа).

На карте для megablast линия более прерывистая. Это связано с тем, что алгоритм megablast более чувствителен к различиям в последовательностях. Некоторые участки, которые blastn считает гомологичными, для megablast таковыми не являются.

При увеличении сходства последовательностей различия в картах локального сходства уменьшаются. Ниже приведены результаты сравнения митохондриальных геномов сибирского бурундука и человека: NC_025277.1 vs NC_012920.1. Слева - карта для blastn, справа - megablast.

Видно, что карта для blastn представляет собой непрерывную прямую, в то время как прямая для megablast прерывается. Если взять очень похожие последовательности, например, митохондриальные геномы двух видов бурундуков - Tamias sibiricus и Tamias striatus (NC_032375.1), то при использовании обоих алгоритмов получается непрерывная прямая.