Анализ генома сибирского бурундука

Для анализа был выбран генома сибирского бурундука. Это единственный вид бурундуков на территории России. Бурундуки живут в лесу, зимой впадают в спячку.

По запросу "Tamias sibiricus" был найден 1 геном. Он является референсным. Вообще референсный геном - это идеализированный геном для какого-то вида, собранный из разных его представителей. Но так как у этого организма всего 1 полный геном, он пока и является референсным. Уровень сборки самый высокий: Complete genome. Это значит, что геном представлен целиком, нет нелокализованных скэффолдов, гэпов и длинных последовательностей неоднозначных оснований. Основные характеристики генома представлены в таблице 1.

Таблица 1. Характеристики генома

Латинское название	Tamias sibiricus
Английское название	Siberian chipmunk
Идентификатор GenBank	GCA_025594165.1
Размер генома	2.6 Gb
Число хромосом	19 пар
Количество скэффолдов	2,095
Scaffold N50	172.6 Mb
Scaffold L50	7
Количество контигов	4,483
Contig N50	9.4 Mb
Contig L50	68
Покрытие генома	174.0x
Уровень сборки	Complete Genome

Параметр N50 означает длину элемента (контига или скэффолда) с наибольшей длиной, для которого верно, что сумма длин всех элементов такой же и большей длины, превосходит половину суммарной длины всех элементов. Параметр L50 означает количество элементов, для которых выполняется условие для N50.