Работа с Pymol
Суть задания состоялав поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

1.Возможности Sculpting

Оценила возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting.

2.Мутагенез

Визуализация зоны контакта 1lmp с лигандом. Был использован этот скрипт.

Рис. 1. Изображение зоны контакта

Введение мутации: замена ASN 103 на GLY => потеря связывания с лигандом. Был использован этот скрипт.

Рис. 2. Изображение зоны контакта, вверху слева ASN 103 заменен на GLY.

3.Создание анимационного ролика: совмещение белков + место мутации

Вставить ролик для просмотра не получилось, поэтому вот на него ссылка. Был использован этот скрипт.

4.Присоединение метки к ASP 119

5. Построения поли-аланиновой альфа-спирали

С помощью этого скрипта была построена цепь, изображенная на рисунке 3.

Рис. 3. Поли-аланиновая альфа спираль из 100 аминокислот..