Практикумы по Excel

Практикум 13. Упражнения

Практикум 13. Основное задание

Ответы на вопросы:

1,2. Сколько плазмид известно в роде, к которому принадлежит ваша бактерия или архея?
Для моей бактерии (Saccharophagus degradans) данных по плазмидам нет (ни для рода, ни для вида).

3. Длина самой короткой плазмиды составляет 0,54 кб (кб = килобаза = 1000 пар оснований).

4. Длина самой длинной плазмиды составляет 2709,28 кб.

5. Средняя длина составляет 89,73 кб.

6. Медиана длин плазмид равна 30,28 кб. (Ответы на вопросы 3-6 содержатся в листе info)

7. Я узнала, что плазмиды известны не только для прокариот, но и для эукариот, и даже для многоклеточных организмов (''Zea mays'' - кукуруза), а также то, что плазмиды могут содержать псевдогены.

8. Сначала я перенесла данные из текстового файла plasmids.txt на служебный лист, выбрав в качестве разделителя табулятор. После этого я скопировала столбец с названиями организмов в текстовый файл, откуда перенесла данные в служебный файл Excel genera.xls, на этот раз выбрав в качестве разделителя пробел. Первый столбец первого листа этого файла содержит родовые названия, а второй столбец - видовые названия для большинства видов. Я перенесла эти два столбца в файл plasmids.xls на лист plasmids: первый столбец - в столбец родов, второй столбец - в столбец видов. Для видов с неопределённым родовым и видовым названием я проставила прочерки вручную. Для организмов с научным названием в статусе Candidatus для родовых названий я перекопировала соответствующую часть второго столбца файла genere.xls, а для видовых - третьего столбца.

9. Таблицу по родам я составляла с помощью опции Вставка - Сводная таблица, где столбец родов взяла в качестве функции строк, а второй столбец (количество плазмид) был задан в поле "Значения" (то есть в нём считалось количество встреч для каждого родового названия из исходного списка).

Практикум 14

В протеоме Saccharophagus degradans наиболее широко представлены белки длиной 150-500 аминокислотных остатков. Удивительно, что наряду с очень маленькими белками, имеющими длину менее 50 а. о., присутствуют и очень крупные белки (самый крупный - поверхностный клеточный рецептор IPT/TIG - состоит из 14609 а. о.).

Практикум 15

Краткий обзор протеома бактерии Saccharophagus degradans