Выполнение практикума включало в себя:
1) Создание файла с последовательностями белков в формате fasta. Для этого последовательности белков в виде fasta, но формате txt были скачаны из UniProt, объединены в текстовом редакторе в один файл и пересохранены в формат fasta в Jalview.
2) Построение и раскрашивание выравнивания. Для этого файл с последовательностями белков в формате fasta был открыт в Jalview, после чего с помощью Web Service -> Alignment -> Muscle with defaults было построено выравнивание. Раскрашивание: Colour -> BLOSUM62. Порог консервативности 30 % был задан по умолчанию (его можно посмотреть через Colour -> By conservation).
3) Поиск лишней последовательности.
Каждая из шести последовательностей последовательно удалялась и оценивалось изменение числа раскрашенных колонок. Лишней признавалась та последовательность, после удаления которой количество окрашенных колонок значительно увеличивалось.4) Сохранение необходимых файлов в нужных форматах и вариантах раскрашивания.
Q9EZQ4_AZOSB