Протеомы и EMBOSS

Краткая характеристика протеомов Saccharophagus degradans 2-40 и Escherichia coli K12

Организм	Proteome ID	Число последовательностей	Число остатков
S. degradans	UP000001947	3999	1456122
E. coli	UP000000625	4306	1356086

Сравнение частот аминокислот в протеомах Saccharophagus degradans 2-40 и Escherichia coli K12

Аминокислотный остаток	S. degradans	E. coli	Разность
L	0,098164852	0,10672627	0,008561418
A	0,095490625	0,095153995	0,00033663
G	0,070848459	0,07374606	0,002897601
V	0,071046932	0,070734452	0,00031248
I	0,059497075	0,06010312	0,000606045
S	0,068970182	0,058022869	0,010947313
E	0,060977034	0,057628351	0,003348683
R	0,044481163	0,055110074	0,010628911
T	0,05739835	0,053990676	0,003407674
D	0,055835981	0,051510007	0,004325974
Q	0,04134887	0,044401314	0,003052444
P	0,040914154	0,044253831	0,003339677
K	0,048773386	0,044060627	0,004712759
N	0,0472845	0,039453987	0,007830513
F	0,040316677	0,038904612	0,001412065
Y	0,032048826	0,02845321	0,003595616
M	0,021728949	0,028192902	0,006463953
H	0,021018156	0,022663754	0,001645598
W	0,013577159	0,015311713	0,001734554
C	0,010278672	0,011575962	0,00129729
U	0	2,21E-06	2,21225E-06

В протеоме S. degradans три самых часто встречающихся остатка - L (лейцин), A (аланин) и V (валин), а в протеоме E. coli - L (лейцин), A (аланин) и G (глицин). Таким образом, в обоих протеомах наиболее часто встречаются лейцин и аланин. В протеоме S. degradans наиболее редки C (цистеин), W (триптофан) и H (гистидин), а в протеоме E. coli - U (селеноцистеин), С (цистеин) и W (триптофан). Таким образом, в обоих протеомах цистеин и триптофан входят в тройку самых редких остатков.

Самая большая разность процентных долей наблюдается для остатков серина.