a. Не содержит гэпов.
b. Длина - не менее 4 колонок.
c. Первая и последняя колонки - абсолютно консервативны или абсолютно функционально консервативны.
d. Процент абсолютно консервативных колонок больше ... 35%
e. Не содержит более .... 10 колонок, не являющихся абсолютно консервативными или абсолютно функционально консервативными, подряд.
f. Не может быть расширен без нарушения предыдущих свойств.
Под эти критерии подходит только один блок, представленный на рисунке ниже.
Скачать выравнивание:
В самом деле, при включении в группу последовательностей 4 или 5 блок перестаёт соответствовать обозначенным выше критериям: при включении последовательности 4 первая и последняя позиции блока перестаёт быть абсолютно консервативной, а при включении последовательности 5 - только последния позиция блока.
Во этом задании предлагалось посчитать количество абсолютно консервативных позиций и абсолютно функциональных позиций (согласно правилу KR, ST, LIVM, FYW, DN, EQ, P, G, A, H, С) в выбранном блоке. В анализируемом блоке оказалось 6 абсолютно консервативных позиций (42,9 %) и 0 абсолютно функционально консервативных позиций (всего блок содержит 14 позиций).
Самый длинный участок выравнивания, не содержащий блоков, представлен на рисунке ниже.
Он содержит 64 позиции, из которых 26 содержат гэпы (40,6 %).
С помощью команды consambig для исследуемого блока была получена следующая консенсусная последовательность:
DXXXPVXGXVXXXN
На сервисе Weblogo было получено изображение LOGO для исследуемого блока. Оно представлено на рисунке ниже.
На основании изображения LOGO был построен паттерн изучаемого блока:
D-[IVL]-[YF]-x-P-V-[STE]-G-[KVT]-V-x-[KAE]-[VIL]-N
В исходное выравнивание была добавлена заведомо негомологичная последовательность первых 139 аминокислотных остатков очень эволюционно далёкого белка (белок с идентификатором YP_526380.1 бактерии Saccharophagus degradans. Оказалось, что в новом выравнивании вообще нет абсолютно консервативных позиций и есть три абсолютно функциональные позиции (конечно, это обусловлено случайным совпадением).
Скачать выравнивание:
Скачать проект (работа с выравниванием из практикума 9):
Было составлено выравнивание из 5 заведомо негомологичных белковых последовательностей. Оказалось, что выделить вертикальные блоки в них невозможно, было обнаружено только 2 абсолютно консервативные позиции (из 972, то есть 0,2 %) и 4 функционально консервативные (0,4 %). Эти сходства, конечно, случайны, а отсутствие вертикальных блоков подтверждают эффективность используемой программы для выявления гомологии последовательностей.
Скачать выравнивание: