Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro

Доменная структура белка YPWA_BACSU по данным Pfam

Закругленные края домена говорят о том, что он найден целиком
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка YPWA_BACSU	Клан
1	PF02074	Peptidase_M32	Семейство металлокарбоксипептидаз Taq (названо по организму Thermus aquaticus) (M32)	1-495 аминокислоты	Клан Peptidase_MA (CL0126), содержит 54 семейства, у 9 функция неизвестна (название семейств начинается с DUF)

Данные о домене Peptidase_M32

• Домен входит в 5 различных архитектур
• Домен встречается в 1205 белковых последовательностях
• Для 5 последовательностей из 1205 определена пространственная структура
• Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену
• Выравнивание довольно хорошее, это подтверждает гомологичность доменов.

Изучение двухдоменной структуры белка

Для изучения был выбран белок, содержащий в себе в качестве доменов домен Peptidase_M32 и домен Voltage_CLC. Изображение доменной архитектуры этого белка можно увидеть на рисунке 1.

Рис. 1. Доменная организация белка C6YS46_FRATL из Francisella tularensis subsp. tularensis MA00-2987

Далее благодаря интерактивной картинке, включающей в себя организмы с данным доменом (см рис.2) были выяснены частоты встречаемости данного домена внутри всех видов.

Табл. 1. Представленность домена PF00654 в организмах разных таксонов	Рис. 2. Интерактивная картинка с возможностью просмотра встречаемости домена
Таксон Количество белков с доменом PF00654 Количество белков с доменом PF02074 Эукариоты Зеленые растения 274 14 Грибы 350 0 Животные 888 0 Остальные эукариоты 198 34 Бактерии 5 800 1 061 Археи 94 89 Вирусы 0 0

Сравнение описаний мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro

Разные банки данных интерпретируют по-разному мотивы, содержащиеся в белке YPWA_BACSU. Данные, интегрированные в банк InterPro:
В белке содержится либо 1 мотив, по данным банков PIRSF - PIRSF006615 и Pfam - PF02074, либо 9 одинаковых мотивов PR00998, однако их длина различается на протяжении белковой последовательности. Как видно, мотив вариабелен (от 17 до 22 аминокислот). Этот мотив описан в банке PRINTS.
Данные, неинтегрированные в банк InterPro:
По данным банка Superfamily в белке находится один 494-аминокислотный мотив (SSF55486).

• Самые короткие мотивы (17-22 аминокислот) называются PR00998 (банк PRINTS).
• Самые длинные мотивы (500, 495 или 494 аминокислоты) называются PIRSF006615 (банк PIRSF), PF02074 (банк Pfam) и SSF55486 (банк Superfamily).
• В банк InterPro интегрированы данные банков Pfam, PIRSF и Prints
• Границы структурных доменов банка Pfamне отличаются от границ лишь незначительным смещением. Вероятно, это связано с незначительным изменением структуры, потому что домен относительно большой (около 500 а.к.) и изменение нескольких аминокислот не отразятся существенно.