Поисковые системы

Особенности белка YPWA (SRS)

1. Полипептидная цепь образует β-тяж с 229 по 231 а.к. остаток (длиной 3 а.к.).

   ID   YPWA_BACSU_17;  parent: YPWA_BACSU
   FT   STRAND      229    231
   SQ   Sequence     3 AA;
        LDE
   //
   

2. Полипептидная цепь образует α-тяж с 451 по 460 а.к. остаток (длиной 10 а.к.).

   ID   YPWA_BACSU_39;  parent: YPWA_BACSU
   FT   HELIX       451    460
   SQ   Sequence    10 AA;
        HPIKQWLTEK
   //

3. Полипептидная цепь образует α-тяж с 100 по 122 а.к. остаток (длиной 23 а.к.).

   ID   YPWA_BACSU_11;  parent: YPWA_BACSU
   FT   HELIX       100    122
   SQ   Sequence    23 AA;
        EAEYKEYVIL CSKAETAWEE AKG
   //

4. Полипептидная цепь изгибается с 303 по 307 а.к. остаток (длиной 5 а.к.).

   ID   YPWA_BACSU_24;  parent: YPWA_BACSU
   FT   TURN        303    307
   SQ   Sequence     5 AA;
        NFIGR
   //

Список PDB-структур

• PDB:3HQ2

Поиск белков, имеющих сходные функции с белком YPWA

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Металлопротеаза, похожая на YPWA	(([swissprot-AllText:YPWA-like*] | [swissprot-AllText:metalloprotease*]) & [swissprot-AllText:Firmicutes*]) ! [swissprot-AllText:fragments*])	0
Протеаза, похожая на YPWA	(([swissprot-AllText:YPWA-like*] & [swissprot-AllText:protease*]) & [swissprot-AllText:Firmicutes*]) ! [swissprot-AllText:fragments*])	0
Протеаза или белок, похожий на YPWA	((([swissprot-AllText:YPWA-like*] | [swissprot-AllText:protease*]) & [swissprot-AllText:Firmicutes*]) ! [swissprot-AllText:fragments*])	1694
Металлопротеаза или белок, похожий на YPWA	((([swissprot-AllText:YPWA-like*] | [swissprot-AllText:metalloprotease*]) & [swissprot-AllText:Firmicutes*]) ! [swissprot-AllText:fragments*])	393
Цинк-связывающая металлопротеаза или белок, похожий на YPWA	((([swissprot-AllText:YPWA-like*] | ([swissprot-AllText:metalloprotease*] & [swissprot-AllText:zinc*])) & [swissprot-AllText:Firmicutes*]) ! [swissprot-AllText:fragments*])	339
Металлопротеаза семейства М32, но не YPWA	(((M32)&(protease))&(Firmicutes))!((fragments)|(YPWA))	0

Сохранение гомологичных последовательностей

Последовательностей белков, гомологичных YPWA (а YPWA принадлежит семейству М32-пептидаз), на SRS нет, поэтому было принято решение произвести поиск по БД Uniprot.

Запрос [(M32) AND (metalloprotease)] обнаружил 53 последовательность, из них 1 аннотированную (собственно YPWA_BACSU).

Последовательности белков в fasta-формате
Информация о последовательностях