Нуклеотидные банки данных

Знакомство с RefSeq

Через SRS был произведен поиск хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Результаты (всего 16 хромосом) представлены ниже.

REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066	

Для седьмой хромосомы также были выяснены следующие параметры:

• Длина: 1090940 BP
• Количество генов: 574
• Количество тРНК: 36

Табл. 1. Примеры разных генов на седьмой хромосоме.

Тип гена	Пример	Координаты CDS
Тип гена	Пример	Координаты
ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов	gene="HXK2"	23935..25395
ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов	gene="EMC4"	complement(63048..63620)
ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон	gene="TAN1"	join(62075..62131,62190..63002)
ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон	gene="HFM1"	complement(join(27921..31426,31579..31636))

Получение последовательности, кодирующей заданный белок

С помощью команды

entret sw:YPWA_BACSU

был получен файл со сведениями о белке, в котором нужно было найти AC белка в EMBL (напротив строки, начинающейся с DR EMBL). Запустив аналогичную команду в EMBL

entret embl:L747838,

в выходном файле находим границы CDS белка. Окончательной командой

seqret embl:L47838 -sask,

затем выставив позицию начала и конца рамки считывания, а также указав цепь ДНК, был сформирован файл с последовательностью белка.